El templo hecho principalmente con andesita tiene una de las más hermozas fachadas entre las iglesias de la ciudad. A la entrada se puede observar  tallada en berenguela (mármol), la estatua de la Virgen de la Inmaculada  Concepción. Proxima a ella hay dos capillas externas que se apoyan a la iglesia principal; hacia el norte está la capilla de la Virgen de Loreto (o Virgen de Lourdes). Hacia el sur está la capilla de San Ignacio de Loyola que se otorgó a la Sociedad del Qosqo de Artesanos. Dentro de la iglesia hay una nave ancha; en su extremo el Altar Alto que fue tallado en madera de cedro con un estilo híbrido por Diego Martínez de Oviedo, también fue completamente dorado con hojuelas de oro por Cristóbal Clemente en 1670. Este altar tiene 21 metros (69 pies) de alto y 12 mts. (39 pies) de ancho, en su parte central está la efigie de la Virgen Concepción Inmaculada y superiormente hay una lona que representa la Transfiguración del Señor; encima de él hay una estatua del mismo Orden de algún personaje desconocido. La nave principal también tiene un camino que comunica las dos capillas laterales, hay seis retablos con estilo de los buzos y un púlpito completamente dorado.

La vida de San Ignacio de Loyola esta representado en lonas alrededor de las ventanas de alabastro, estas fueron pintadas por Marcos Zapata y su ayudante Cipriano Gutierrez. Además existen otras dos lonas muy valiosas, una que representa la boda del capitán español Martín Garcia Oñas de Loyola,  sobrino de San Ignacio de Loyola y Clara Beatriz Qoya, sobrina de Túpac Amaru y heredera del marquezado de Oropesa; y la otra lona representa las bodas de Beltran García de Loyola con Teresa Idiaquez y de Juan Idiaquez con Magdalena de Loyola. Existe una pintura cerca de las lonas en el que se puede apreciar a Túpac Amaru, Sayri Tupac y Clara Beatriz Qoya con trajes típicos.