Su altar es neoclásico tiene la imagen de San Francisco de Asís en la parte central y de la Virgen de la Concepción Inmaculada. Hay también otros 11 retablos menores, todos hechos en yeso también tiene un púlpito de madera cedro muy antiguo.

El claustro del convento es el más viejo de la ciudad con un estilo del renacimiento con diversas influencias. Tiene un techo impresionante decorado con los tableros pintados. Aquí hay una lona enorme que posiblemente es el más grande del continente mide aproximadamente 12 mts. (39 pies) de alto y 9 mts. (30 pies) de ancho; fue pintado por Juan Espinoza del Monteros en 1699. Esta pintura representa 12 ramas del la orden franciscana contiene 683 personajes, 224 escudos y armas y 203 leyendas de biografía. Lo que también es impresionante es el coro de la iglesia que se talló en madera cedro por los franciscanos Luis Montes, Isidro Fernández y Antonio de Paz, en 1652. Este coro contiene imágenes de 93 Santos de la Iglesia católica; su facistol es muy bueno, también hay un órgano imponente alemán, hay muchas más lonas en los diferentes cuartos y claustros; casi todos ellos son anónimos y pertenecen a la Escuela de pintura Cusqueña.

El claustro del convento es el más bonito y sorprendente en el complejo; tiene una forma cuadrada, dos suelos, y una entradas en forma de arco con pilares rectangulares gruesos y sólidos que muestran las columnas de Corinto talladas en sus lados delanteros. El segundo claustro es relativamente simple y más moderno de 1650. En el primer claustro hay lonas que representan la vida de San Pedro de Nolasco pintadas por Ignacio Chacon en 1763. Además, Basilio Pacheco pintó la lona enorme que representa a los bienhechores de la orden que se localizan por la escalera que lleva al segundo suelo; en la segunda hay una colección de lonas que representan la vida de San Agustín que se movió después de la destrucción de la iglesia de San Agustín y el convento.

En este convento hay un claustro que sirve como museo en el que se encuentra el vaso consagrado que se expone para recibir la veneración del creyente es de 1.2 mts. de alto y pesa un poco mas de 22 kg. . El sol fue hecho de oro con un estilo barroco por Luis Ayala de Olmos en el siglo XVII. Hacia abajo esta la imagen de Nuestra Señora de la Misericordia y una sirena bonita que está en sus rodillas cuyo cuerpo esta formado por una perla. Mas abajo esta el pedestal que fue hecho por Manuel Piedra por los primeros años del siglo XIX con un estilo neoclásico francés en la parte central tiene un Cordero de Pascua y hacia abajo dos pelícanos que representan la Cristiandad.

También hay lonas anónimas principalmente entre ellas la “Coronación de Virgen” pintada por Bernardo Bitti; la “Familia Santa” atribuido a Rubens y la “Coronación de Virgen” y una “Familia Santa” atribuida a Diego Quispe T’ito. También aquí están los manuscritos en un pergamino, un Cristo pequeño tallado en marfil, el metal precioso enjoya como las coronas, quemadores de incienso, los candelabros, etc. hay también frascos chinos y 8 casullas bordadas con oro e hilos de plata que fue pertenencia de Raer Vicente Valverde (compañero de Pizarro). En este claustro las Escrituras se Alojan dónde hay muchas otras lonas; en un lado de su entrada hay una lona interesante hecha por Ignacio Chacon que representa a la Virgen María alimentando a su bebé al mismo tiempo Jesús y San Pedro Nolasco. También en este primer claustro se encuentra a Francisco Salamanca, era un nativo de los Uros en Bolivia famoso por las primeras décadas de siglo XVIII por ser un gran orador, poeta, músico, pintor y compositor de villancicos en Quechua y Aymara. Pasó sus últimos 30 años en el encierro en la oscuridad murió en 1737.

Andahuaylillas

Su Plaza Principal esta adornada con “pisonay” (árboles de coral) y los árboles de palma, su más valioso tesoro es: Andahuaylillas, la iglesia colonial.
La iglesia de Andahuaylillas es considerada la “Capilla de Sixtina” de América, debido a los murales encontrados dentro de ella. Algunos historiadores aseguran que esta iglesia fue construida encima de algún templo inca importante, posiblemente una “Waka” (la urna), como la base de las iglesias era hecho con andesitas tallado que pertenece a la arquitectura Quechua religiosa. En los ambientes hay restos de edificios Inkas además, destaca una tipo de arquitectura de transición inca – colonial. Su estructura arquitectónica relativamente modesta es clásica en las iglesias de pueblos pequeños. Tienen simplemente una torre de la campanilla superior, una fachada adornado con murales, y dos columnas de piedra muy bien proyectado hacia la parte principal.

Dentro de la iglesia hay dos secciones diferentes que corresponden a las dos fases de su construcción; ellos están separados por el arco principal interior. Por esta razón es que la iglesia tiene dos púlpitos, el más viejo está bajo el arco interior y el último en la pared opuesta.
Es impresionante la cantidad de murales que cubren las paredes y sobre todo el techo con los modelos geométricos y flores adornadas con las hojuelas de oro. El Altar Alto es barroco, tallado en madera cedro y adornado con hojuelas de oro; en el centro de este altar está la efigie de la “Virgen del Rosario”. Su tabernáculo se cubre con los platos de plata vencida y también tiene hacia abajo un área de espejos puesta para reflejar la luz de las velas así como la luz que entra a través de la verja para ayudar la iluminación interior.En un lado del Altar Alto está la sacristía que tiene los troncos antiguos donde se guarda la ropa de los sacerdotes que se bordaron con los metales preciosos; esa sacristía también guardó oro y joyería de plata muy interesante que se robó en 1992 y que nunca se recuperó. Hay también algunos otros altares y capillas laterales, y en el lado superior del área central hay una colección interesante de lonas anónimas de la Escuela Cusqueña que representa la vida de San Pedro, con impresionantes marcos dorados. En el arco interior hay una pintura de “la Virgen de la Asunción” que atribuyó al pintor español Esteban Murillo.

Entrando a iglesia, hacia el lado izquierdo está el baptisterio; y alrededor de su entrada está la escritura en cinco idiomas “yo lo bautizo en el nombre del Padre, y del Hijo, y del Espíritu Santo, Amén”; los cinco idiomas son: latin, español, quechua, pukina(idioma extinto) y aymara. En la superficie detrás de la fachada, hay murales dentro de la iglesia que representan un camino profano atestado y atractivo que uno lleva al infierno, y otro poderoso hacia el cielo.

Hacia fuera en el lado occidental del patio delantero de la iglesia hay tres cruces grandes esculpidas que representan la Trinidad símbolo Santo de Catolicismo, es decir: Padre, Hijo y Espíritu Santo.

Cabe destacar que en la epoca incaica el lugar donde fue fundado el Monasterio de Santa Catalina, fue el Aqllawasi (Casa de Mujeres Escogidas, o Vírgenes del Sol).
El Aqllawasi era una especie de convento andino solo para mujeres nobles escogidas entre las más bonitas del territorio Quechua. Ellas se consagraron al culto del Dios Sol, a la preparación de sus ceremonias, a los tejidos de vestir para el Inca y para diferentes propósitos religiosos, a la preparación del “Sanqhu” (pan ceremonial); y la fabricación de “Aqha” o la sagrada “chicha” (cerveza de maíz). Además estas mujeres guardaron la virginidad perpetua, dentro de su monasterio y durante el año entero del Sagrado Fuego producido en el Inti Raymi.

La estructura del Convento de Santa Catalina se empezó un año después y fue acabado después de 4 años. Los retablos que se encuentran en la iglesia y el monasterio fueron tallados por los diversos artesanos locales hacia la mitad del siglo XVII. Hay trabajos pictóricos muy importantes de Escuela Cusqueña hechos por artistas anónimos. Dentro de la iglesia hay una colección hecha por Juan Espinoza de Monteros que representan a Santa Catalina y la Virgen de los Remedios en la Fundación del Monasterio. Lorenzo Sánchez Mefecit, otro pintor cusqueño hizo una cuadro grande de la Virgen de la Asunción y otro que representan a Santa Catalina.
La iglesia también tiene un altar de cedro dorado con estilos mezclados, y en la parte alta central esta la estatua del “Sagrado Corazón de Jesús “, Santa Catalina y Santo Domingo de Guzmán. También hay un púlpito tallado en cedro y otros cuatro retablos dorados. Hoy en día, este es un museo bonito de arte colonial posiblemente el más completo en la ciudad.

En el primer cuarto hay diferentes lonas que representan al “Señor de los Terremotos”, y algunas otras pinturas diferentes anónimas. También hay una colección que representa la vida y milagros de Santa Rosa de Lima, diversas representaciones de la vida de Santo Domingo Guzmán pintadas por Juan Espinoza de los que Monteros y una colección de nueve casullas ricas bordadas con hilos de metal precioso.

San Blas

En la plaza se edificó una iglesia encima de un Santuario Inka consagrado al culto del “Illapa” (Dios del trueno, relámpago y rayo). Hasta antes de los terremotos de 1650 y 1950 su estructura era simple con un plano de suelo rectangular y paredes de adobe, pero después se reforzo parcialmente con paredes de piedra.

Una de las más grandes joyas de arte colonial de todo el continente se encuentra en ésta iglesia y es el Púlpito de San Blas, es una filigrana hecha en madera de cedro. No es conocido con certeza quienes fueron los artistas o el artista y cuánto tiempo duró el trabajo y ningún otro detalle. Se sospecha que fue tallado con fondos del Obispo Manuel Mollinedo y Angulo que estaba a finales del siglo XVII, conocido como protector del arte. La mayoría de los autores indican que fue hecho por el  famoso: Juan Tomas Tuyro Tupaq.

Hay columnas barrocas e imágenes esculpidas de los cuatro evangelistas, San Matthew, San John, San Mark y San Luke. En la parte central está la escultura de la “Inmaculada Concepción “. En el tórax del púlpito se está la efigie del Patrocinador Santo de la parroquia: San Blas; con ropa obispal y sobre esta imagen está el escudo de armas del obispo Mollinedo y Angulo.

También están las esculturas de los doctores de la iglesia, San Bonaventure, San Tomas de Aquino, San Agustín, San Gregorio el grande, San Jerónimo, San Bernardo y San Francisco. Y finalmente, coronando el púlpito y apoyado por cinco arcángeles está la escultura de San Paul de Tarsus (Carreño se cree que es San Tomas y algunos otros que es Jesús) con un crucifijo en su mano; antes de los pies de San Paul hay un cráneo que se supone que pertenece al autor del púlpito.

Igualmente, el altar principal de la iglesia está tallado en madera de cedro y dorado con hojuelas de oro, con un estilo mixto al estilo barroco.

En la pared oriental hay otro retablo hecho por Tuyro Tupaq y su hijo Mateo en 1678; y pertenece a la “Virgen del Acontecimiento Bueno”. Hay algunos otros retablos que pertenecen a San Blas, San José, y a Jesús moreno conocido como el “Señor de la Agonía” tiene brazos y cabeza movibles; su color moreno es porque está cubierto con el pergamino de la llama. Encima de las paredes laterales hay 8 lonas anónimas con los marcos dorados impresionantes; ellos representan el martirio de San Blas. Dentro del baptisterio hay una pintura de Jesús. Hacia el lado correcto de la entrada hay una cruz hecha con un solo pedazo de madera de Chachacomo (árbol andino nativo). La iglesia tiene un coro alto con los balaustres de madera de cedro dorada.

El templo hecho principalmente con andesita tiene una de las más hermozas fachadas entre las iglesias de la ciudad. A la entrada se puede observar  tallada en berenguela (mármol), la estatua de la Virgen de la Inmaculada  Concepción. Proxima a ella hay dos capillas externas que se apoyan a la iglesia principal; hacia el norte está la capilla de la Virgen de Loreto (o Virgen de Lourdes). Hacia el sur está la capilla de San Ignacio de Loyola que se otorgó a la Sociedad del Qosqo de Artesanos. Dentro de la iglesia hay una nave ancha; en su extremo el Altar Alto que fue tallado en madera de cedro con un estilo híbrido por Diego Martínez de Oviedo, también fue completamente dorado con hojuelas de oro por Cristóbal Clemente en 1670. Este altar tiene 21 metros (69 pies) de alto y 12 mts. (39 pies) de ancho, en su parte central está la efigie de la Virgen Concepción Inmaculada y superiormente hay una lona que representa la Transfiguración del Señor; encima de él hay una estatua del mismo Orden de algún personaje desconocido. La nave principal también tiene un camino que comunica las dos capillas laterales, hay seis retablos con estilo de los buzos y un púlpito completamente dorado.

La vida de San Ignacio de Loyola esta representado en lonas alrededor de las ventanas de alabastro, estas fueron pintadas por Marcos Zapata y su ayudante Cipriano Gutierrez. Además existen otras dos lonas muy valiosas, una que representa la boda del capitán español Martín Garcia Oñas de Loyola,  sobrino de San Ignacio de Loyola y Clara Beatriz Qoya, sobrina de Túpac Amaru y heredera del marquezado de Oropesa; y la otra lona representa las bodas de Beltran García de Loyola con Teresa Idiaquez y de Juan Idiaquez con Magdalena de Loyola. Existe una pintura cerca de las lonas en el que se puede apreciar a Túpac Amaru, Sayri Tupac y Clara Beatriz Qoya con trajes típicos.