El claustro del convento es el más bonito y sorprendente en el complejo; tiene una forma cuadrada, dos suelos, y una entradas en forma de arco con pilares rectangulares gruesos y sólidos que muestran las columnas de Corinto talladas en sus lados delanteros. El segundo claustro es relativamente simple y más moderno de 1650. En el primer claustro hay lonas que representan la vida de San Pedro de Nolasco pintadas por Ignacio Chacon en 1763. Además, Basilio Pacheco pintó la lona enorme que representa a los bienhechores de la orden que se localizan por la escalera que lleva al segundo suelo; en la segunda hay una colección de lonas que representan la vida de San Agustín que se movió después de la destrucción de la iglesia de San Agustín y el convento.

En este convento hay un claustro que sirve como museo en el que se encuentra el vaso consagrado que se expone para recibir la veneración del creyente es de 1.2 mts. de alto y pesa un poco mas de 22 kg. . El sol fue hecho de oro con un estilo barroco por Luis Ayala de Olmos en el siglo XVII. Hacia abajo esta la imagen de Nuestra Señora de la Misericordia y una sirena bonita que está en sus rodillas cuyo cuerpo esta formado por una perla. Mas abajo esta el pedestal que fue hecho por Manuel Piedra por los primeros años del siglo XIX con un estilo neoclásico francés en la parte central tiene un Cordero de Pascua y hacia abajo dos pelícanos que representan la Cristiandad.

También hay lonas anónimas principalmente entre ellas la “Coronación de Virgen” pintada por Bernardo Bitti; la “Familia Santa” atribuido a Rubens y la “Coronación de Virgen” y una “Familia Santa” atribuida a Diego Quispe T’ito. También aquí están los manuscritos en un pergamino, un Cristo pequeño tallado en marfil, el metal precioso enjoya como las coronas, quemadores de incienso, los candelabros, etc. hay también frascos chinos y 8 casullas bordadas con oro e hilos de plata que fue pertenencia de Raer Vicente Valverde (compañero de Pizarro). En este claustro las Escrituras se Alojan dónde hay muchas otras lonas; en un lado de su entrada hay una lona interesante hecha por Ignacio Chacon que representa a la Virgen María alimentando a su bebé al mismo tiempo Jesús y San Pedro Nolasco. También en este primer claustro se encuentra a Francisco Salamanca, era un nativo de los Uros en Bolivia famoso por las primeras décadas de siglo XVIII por ser un gran orador, poeta, músico, pintor y compositor de villancicos en Quechua y Aymara. Pasó sus últimos 30 años en el encierro en la oscuridad murió en 1737.