Su altar es neoclásico tiene la imagen de San Francisco de Asís en la parte central y de la Virgen de la Concepción Inmaculada. Hay también otros 11 retablos menores, todos hechos en yeso también tiene un púlpito de madera cedro muy antiguo.

El claustro del convento es el más viejo de la ciudad con un estilo del renacimiento con diversas influencias. Tiene un techo impresionante decorado con los tableros pintados. Aquí hay una lona enorme que posiblemente es el más grande del continente mide aproximadamente 12 mts. (39 pies) de alto y 9 mts. (30 pies) de ancho; fue pintado por Juan Espinoza del Monteros en 1699. Esta pintura representa 12 ramas del la orden franciscana contiene 683 personajes, 224 escudos y armas y 203 leyendas de biografía. Lo que también es impresionante es el coro de la iglesia que se talló en madera cedro por los franciscanos Luis Montes, Isidro Fernández y Antonio de Paz, en 1652. Este coro contiene imágenes de 93 Santos de la Iglesia católica; su facistol es muy bueno, también hay un órgano imponente alemán, hay muchas más lonas en los diferentes cuartos y claustros; casi todos ellos son anónimos y pertenecen a la Escuela de pintura Cusqueña.