Cabe destacar que en la epoca incaica el lugar donde fue fundado el Monasterio de Santa Catalina, fue el Aqllawasi (Casa de Mujeres Escogidas, o Vírgenes del Sol).
El Aqllawasi era una especie de convento andino solo para mujeres nobles escogidas entre las más bonitas del territorio Quechua. Ellas se consagraron al culto del Dios Sol, a la preparación de sus ceremonias, a los tejidos de vestir para el Inca y para diferentes propósitos religiosos, a la preparación del “Sanqhu” (pan ceremonial); y la fabricación de “Aqha” o la sagrada “chicha” (cerveza de maíz). Además estas mujeres guardaron la virginidad perpetua, dentro de su monasterio y durante el año entero del Sagrado Fuego producido en el Inti Raymi.

La estructura del Convento de Santa Catalina se empezó un año después y fue acabado después de 4 años. Los retablos que se encuentran en la iglesia y el monasterio fueron tallados por los diversos artesanos locales hacia la mitad del siglo XVII. Hay trabajos pictóricos muy importantes de Escuela Cusqueña hechos por artistas anónimos. Dentro de la iglesia hay una colección hecha por Juan Espinoza de Monteros que representan a Santa Catalina y la Virgen de los Remedios en la Fundación del Monasterio. Lorenzo Sánchez Mefecit, otro pintor cusqueño hizo una cuadro grande de la Virgen de la Asunción y otro que representan a Santa Catalina.
La iglesia también tiene un altar de cedro dorado con estilos mezclados, y en la parte alta central esta la estatua del “Sagrado Corazón de Jesús “, Santa Catalina y Santo Domingo de Guzmán. También hay un púlpito tallado en cedro y otros cuatro retablos dorados. Hoy en día, este es un museo bonito de arte colonial posiblemente el más completo en la ciudad.

En el primer cuarto hay diferentes lonas que representan al “Señor de los Terremotos”, y algunas otras pinturas diferentes anónimas. También hay una colección que representa la vida y milagros de Santa Rosa de Lima, diversas representaciones de la vida de Santo Domingo Guzmán pintadas por Juan Espinoza de los que Monteros y una colección de nueve casullas ricas bordadas con hilos de metal precioso.